הדרך הטובה ביותר למנוע מחלות חניכיים היא, כמובן, מניעה – הקפדה על היגיינת הפה. למעשה, כיום אנו יודעים שחיידקים אחראים לרובן המוחלט של מחלות החניכיים, ופעולת הצחצוח ושטיפת הפה היומיומית מסייעות מאוד בהורדת העומס החיידקי ביחד עם טיפול תקופתי של הסרת אבנית. יחד עם זאת, ראוי לציין כי גם גורמים אחרים – סתימות לא מלוטשות, כתרים בולטים, חוסר מגע בין שיניים סמוכות ודחיסת מזון ביניהן – עשויים לגרום לדלקת חניכיים למרות צחצוח “מושלם”. עישון מגביר את קצב התקדמות מחלת החניכיים – עקב כך שהוא משנה את הרכב החיידקים בחלל הפה ובנוסף הניקוטין מכווץ את כלי הדם כך שאין זרימה טובה של דם לחניכיים, הדבר מקשה על הגוף להתמודד עם החיידקים.