בנגעי חניכיים (כיסים) עמוקים במיוחד סיכויי ההצלחה של הקצעת שורשים קטנים, כי קשה מאוד לתחזק כיס עמוק, ולעתים קרובות אף לא ניתן לסלק את כלל המזהמים והרקמה הדלקתית עקב מבנה העצם סביב הנגע. במקרים אלה, מבוצעים ניתוחי חניכיים, להם שתי מטרות – לבצע הסרה יסודית ומלאה של הרקמה הדלקתית בתחתית הנגע, ולאפשר ריפוי מיטבי של החניכיים ורקמת האחיזה וצמצום עומק הכיסים על מנת שיהיה קל לשמור על היגיינה. הניתוח מבוצע בהרדמה מקומית, כמו כל טיפול שיניים שגרתי, וכרוך בימים ספורים של אי-נוחות באזור הטיפול. לעיתים יש רגישות לקור או חום ומתוק מן השיניים עקב השורשים החשופים. במקרים מסוימים התוצאה המתקבלת היא מראה של “שיניים ארוכות” – כי החניכיים נסוגו.