כאשר נגע העששת התקדם בעומק השן והגיע עד למוך השן (החלל הפנימי של השן, הכולל בתוכו עצבים וכלי דם), תתפתח בתוך השן דלקת עקב הזיהום החיידקי לעיתים הדבר מלווה בכאב חזק וברגישות לקור או חום ואף יתכן והכאב יהיה בעל אופי פועם. לעיתים הדבר אינו מלווה בכאב ומוך השן מת ומתפתח נמק של מוך השן. בשלב זה, השן תזדקק לטיפול שורש – במהלכו תסולק מן השן הרקמה הדלקתית, ותעלות השורש ינוקו, יחוטאו וייאטמו. לאחר טיפול השורש, השן כבר אינה “חיה”, אך היא יכולה להישאר בפה למשך שנים ארוכות. למרות זאת, טיפול שורש נוטה להחליש את השן, ולכן לאחריו, ברוב המקרים, מומלץ לבצע מבנה וכתר על השן, על-מנת למנוע את שבירתה כתוצאה מכוחות הלעיסה.