במקרים רבים, לאחר ספיגת העצם סביב השן, עקב מחלת חניכיים, כיסי החניכיים מעמיקים ועל-פני שטח השורשים, בתוך הכיס, נוצרת אבנית, המהווה מוקד להצטברות חיידקים ומפריעה לריפוי הכיס והחניכיים. לכן, במקרים אלה יש לבצע הקצעות שורשים – תהליך של הסרת אבנית תת-חניכית (בתוך הכיס עצמו) , המלווה בהחלקה של פני-שטח השורש. טיפול זה מבוצע על-ידי רופא השיניים או השיננית, לרוב תחת הרדמה מקומית, על מנת למנוע כאבים מיותרים. הקצעת שורשים היא תנאי לריפוי מיטבי של כיסים עמוקים.